Todas las operaciones comerciales del Aeropuerto de San Sebastián se gestionan en la planta baja de su terminal de pasajeros única, donde se distribuyen los mostradores de facturación y las puertas de embarque. Prestan servicio las siguientes aerolíneas:
- Binter Canarias: Gran Canaria, Tenerife Norte.
- Iberia (operado por Air Nostrum): Madrid-Barajas.
- Volotea: Málaga, Menorca, Palma de Mallorca, Sevilla, Valencia.
- Vueling: Barcelona-El Prat.
Datos verificados con fuentes oficiales: iberia.com, airnostrum.es, vueling.com, bintercanarias.com, volotea.com.