En el Aeropuerto de Nairobi, los pasajeros que conectan entre dos vuelos internacionales en general pueden quedarse en la zona de tránsito sin pasar migraciones. Si conectas de un vuelo internacional a uno de cabotaje, entras al país aquí: pasas migraciones y retiras y vuelves a documentar el equipaje.
El aeropuerto tiene 5 terminales o sectores (Terminal 1A, Terminal 1B, Terminal 1C, Terminal 1D (domestic), Terminal 2).
Los pasajeros en conexión pasan un control de seguridad de tránsito.