En el Aeropuerto de San José de Costa Rica, los pasajeros que conectan entre dos vuelos internacionales en general pueden quedarse en la zona de tránsito sin pasar migraciones. Si conectas de un vuelo internacional a uno de cabotaje, entras al país aquí: pasas migraciones y retiras y vuelves a documentar el equipaje.
El aeropuerto tiene 2 terminales o sectores (Main terminal (international), Domestic building).
Los pasajeros en conexión pasan un control de seguridad de tránsito.