En el Aeropuerto de San Juan, como en todos los aeropuertos de Estados Unidos, los pasajeros que llegan en un vuelo internacional tienen que pasar migraciones (CBP) y aduana, retirar el equipaje documentado y volver a documentarlo, y pasar otra vez el control de seguridad de la TSA antes del vuelo de conexión, aunque los dos vuelos estén en el mismo pasaje.
El aeropuerto tiene 2 terminales o sectores (Terminal A (JetBlue and others), Terminal B (Concourses B, C, D)).