En el Aeropuerto de Surabaya, los pasajeros que conectan entre dos vuelos internacionales en general pueden quedarse en la zona de tránsito sin pasar migraciones. Si conectas de un vuelo internacional a uno de cabotaje, entras al país aquí: pasas migraciones y retiras y vuelves a documentar el equipaje.
El aeropuerto tiene 2 terminales o sectores (Terminal 1 (domestic), Terminal 2 (international)). No están conectados después del control de seguridad: para cambiar hay que volver a pasarlo.
Los pasajeros en conexión pasan un control de seguridad de tránsito.