En el Aeropuerto de Tromsø, los pasajeros que conectan entre dos vuelos internacionales en general pueden quedarse en la zona de tránsito sin pasar migraciones. Si conectas de un vuelo internacional a uno de cabotaje, entras al país aquí: pasas migraciones y retiras y vuelves a documentar el equipaje.
El aeropuerto tiene 2 terminales o sectores (Domestic and Schengen section, Non-Schengen section).