Las siguientes compañías aéreas operan vuelos comerciales de cabotaje en el Aeropuerto La Florida de Tumaco:
- Clic Air: Cali. Vuelos comercializados además en código compartido con Avianca.
- SATENA: Bogotá, Cali.
Los mostradores de check-in y despacho de equipaje de ambas aerolíneas se ubican en el vestíbulo principal de la terminal.